大葱病虫害主要有霜霉病、黑霉病、紫斑病、潜叶蝇、根蛆等。根据《农资淘宝指南》介绍整地用新高脂膜溶液均匀喷雾，间隔7~10天，共喷2~3次，有效预防大葱的霜霉病。黑霉病，用0.1%硫酸铜或1%的石灰水喷洒。紫斑病用80%代森锌0.5%水溶液喷洒或用50%甲托0.1%水溶液或硫酸铜，生石灰和水，按1：1：200倍比例配制波尔多液喷洒，亩用量50公斤。根蛆虫害，用甲胺磷粉5公斤或2.5%敌百虫粉3.5公斤~4.5公斤或用2.5公斤辛硫磷颗粒剂施于土内。红蜘蛛，可用螨光灵3000倍~3500倍或红白螨绝2500倍~3000倍防治。

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