1、合理轮作，薏米种植前彻底清除前茬作物病残体、杂草等，集中带出田外销毁，并深翻整地喷施消毒剂以有效减少田间黑穗病初侵染源。留种需从健壮无病菌侵染的植株上选留，并在下种前用消毒剂加新高脂膜脱毒处理，可大大减少种子带菌量，隔离病菌侵染，保护植株生长健壮。

    2、合理密植，以降低田间湿度，减少病菌繁衍几率。加强田间管理，合理施用磷、钾肥，不施带菌肥料，提高薏米抗病性、减少黑穗病侵染源。并在薏米进入抽穗期后，加强田间检查力度，发现病株及时拔除带出田外集中烧毁。

    3、薏米收获后彻底清园，可在入冬后将田块烤干，收集病株残体和枯萎叶集中烧毁，进行冬翻晒土、清除田边杂草，以有效减少田间越冬菌源量。