辣椒根腐病多在辣椒的生长前期发生。最初是植株中午萎蔫，晚上和早上可以恢复，反复几天后，整株死亡。注意观察病株的根茎部和根部，皮层变成淡褐色至深褐色腐烂。皮层很粗糙，易剥离，常会露出暗色的木质部。其变色部位仅限于根部和根茎部，这是与辣椒枯萎病的最大区别。有时把它误认为是辣椒疫病。辣椒疫病多是在茎基部皮层变色，仅仅是为害皮层和韧皮部，木质部不变色。

     防治措施。1.收获后及发病初期，及时清除病残体，均匀喷施护树大将军，具有窒息性杀菌、防止病毒复制和感染，防治腐烂、溃疡等多种皮层病症以及防霜冻、防冻害等功效。减少越冬菌源。2.土壤消毒。可选用新高脂膜500倍液配合针对性杀菌剂进行喷施土壤，地面保墒，可活化表层板结密度。3.底肥应施用充分腐熟的有机肥，棚室辣椒采光不是很好，所以喷施光合营养膜肥，可帮生长植物吸收光能，提高肥效。4.合理灌水。日光温室辣椒一定要高垄覆膜栽培。深冬季节不能大沟漫灌，应于晴天上午膜下暗沟灌水。5.发病初期施药防治。可选用根施通与“护树将军”配合灌根，能诱导病毒集结，供护树将军靶向消毒，抑制果树根部病毒传导式感染及叶片和果实，保养植株输导系统健康工作。