棉花立枯病又称烂根病、黑根病，病原菌为立枯丝核菌。病菌在种子萌发前侵染可造成烂种，萌发后至出土前侵染可引起烂芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，病斑逐渐扩展包围整个基部。

棉花立枯病也是棉花苗期的一种土传真菌性病害，从地膜抠开以后，因为环境的改变，棉苗的适应性不行，再加上当时的天气经常是低温、阴雨，地温也低，立枯病就很容易发生。
土壤中和病残体上的菌丝体、菌核和带菌种子是棉花立枯病的初侵染源。播种后出苗缓慢，长势弱，易受病菌侵染，棉花子叶期最易感病。发生立枯病的防治方法是进行灌根，用根施通胶囊与杀菌剂配合灌根，能诱导病菌集结，供杀菌剂包围歼灭果树根部有害细菌。