西瓜畸形形成原因主要是在花芽分化期或雌花发育期经受低温，易形成畸形花而发育成畸形果；发现前期出现畸形瓜胎，如果外界气温低，不要急于摘除，可暂时保留第一和第二雌花瓜，待出现第三雌花时，外界气温也升高，及时摘除第一和第二雌花瓜，保留第三雌花瓜，一般都能够正常生长发育。如果开花坐瓜期遇到高温、干旱，花粉发芽率降低，致使授粉受精不良，果实膨大期肥水不足或偏施氮肥，土壤中氮、磷、钾失衡；留瓜节位过高或过低，影响同化物质对果实的供应；人工授粉技术失误，病虫危害，均可导致畸形果的形成，应针对具体情况，在开花坐果期，喷施促花王3号+壮瓜蒂灵控制徒长，促进果实发育，提高营养输送量，减少畸形果的发生率。
