有害气体为害。扣棚前施入大量碳酸氢铵或扣棚后地面撒施尿素，以及在碱性土壤上施用硫酸铵，均易产生氨气，造成氨害。此外，亚硝酸积累过多，会发生亚硝酸气害。
土壤酸化。韭菜喜中性土壤，长期大量施用粪稀、饼肥、厩肥和硫铵、过磷酸钙等酸性化肥，就会引起土壤酸化，使韭菜叶生长缓慢、纤细、外叶枯黄。
高温、冷风为害。当棚室内温度长期处于35℃以上，且空气比较干燥时，易引起叶烧。有时连续阴天后骤晴，或高温后有冷空气突然侵入，都会使韭菜叶尖乃至整叶变白或黄枯。韭菜生长适温为5～35℃，当棚温高于35℃，持续时间长，导致叶尖或整叶变白、变黄。
微量元素失调。缺锌心叶黄化；缺钙心叶黄化，部分叶尖枯死；缺镁外叶黄化枯死；缺硼中心叶黄化，硼过多则叶尖枯死；锰过剩中心叶轻微黄化，外叶黄化枯死。使用叶面肥配合光合营养膜肥一起使用，助力吸收更多的光肥及常规性肥料。
