辣椒秧苗沤根后表面呈锈褐色，后逐渐腐烂，新根不发，导致地上茎叶变黄，植株萎蔫而死，是一种生理病害。这通常并非病菌侵染所致，主要是浇水过多、通风不够、地温长期低于12℃、土壤通气不良引发，若连续阴雨，该病更易发生。
防治经验：1.加强苗床温度管理，有条件的采用温床育苗，注意加大通风量，减少棚内湿度。2.严禁大水漫灌，浇后及时中耕，避免过早过深地进行根际培土。3.若发生轻微沤根，应及时划锄松土,以提高地温，增强土壤透性。4.避免用杀菌剂之类的农药进行大量喷洒，可以噴施生态药剂新高脂膜和护树大将军形成高分子膜，可保湿、保温，抑制植物表面病毒扩散，亦可干扰害虫捕食信号，促进农药、叶面肥减量增效，降低污染。
