当百香果幼苗定植成活后，耕种帮种植网建议留1~2条主蔓上架，剪去过多的侧枝、侧芽。
在第一年，每株留2条侧蔓，分向两侧生长，当侧蔓长至2米时将侧蔓顶端剪除，以促进次生蔓长出，短期内枝蔓就可长满棚架。
一般靠近主蔓的枝条先结果，建议当果实成熟掉落后，立即修剪至第二至第三节，从其基部萌发的芽可以形成新的结果枝，在冬季最后一批果实采收后，将所有结果枝都从基部剪掉。百香果一级蔓是主要的营养枝，二级、三级蔓是主要的结果枝，培育良好的二级、三级蔓是提高产量的重要措施。
因为百香果忌重剪，过度修剪会使主蔓枯萎，降低产量，严重时整株死亡。同时，耕种帮种植网建议在每批次采果后应與去枯枝、病虫枝、老弱枝、郁闭枝，可改善光照条件和营养水平，提高产量和品质。
百香果的修剪有冬季修剪和常规修剪两种。冬季修剪一般安排在2刀中下旬修剪，以主枝为中心，一侧留50厘米左右进行修剪，将缠在棚上的枝条、卷须全部去除。常规修剪是在采果后将结果枝、痩弱枝、病虫枝、残枝及吋剪去，在枝蔓上留2个芽眼；及时抹去架面下主蔓及基部所发出的侧芽嫩枝。重剪后马上萌发出的新梢就能成为很好的结果枝。修剪清园后要加冏棚架，并用护树大将军喷施全园，消毒，抑制病菌，以防治茎腐病。
